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干货 | 多图预警!三分钟教你使用进化树在线制作工具iTOL增加标尺

时间:2022-11-29   访问量:1429

ITOL是Interaction Tree Of Life(网址:http://itol.embl.de/)的简称它是一个集在线展示、注释和管理进化树的交互工具。绘图过程中可以随意调整树枝、标签的颜色、形状和字体。而iTOL最大的特点是可以同时展示不同的数据集,并按照个性化的需求控制数据集的位置、大小和颜色,并允许导出高质量的位图和矢量图。


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在进化树中,距离标尺可显示序列的差异度(数值),标尺即为“比例尺”。标尺是一个进化树的重要组成部分,他的展示方式多样,一般是由线段和数字组成。在已经具备进化树文件的情况下,使用iTOL工具可以方便高效地为进化树添加标尺,并可以根据自己的需要进行格式调整。


01

进化树文件准备


(1)未注册的用户可通过Upload键进入上传树文件


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(2)注册的用户可点击My Trees查看和上传树文件


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02

基础操作简介


通过调整控制面板(Control panel)中的参数可对进化树进行简单编辑,如Basic基础操作中调整图形模式(Mode),物种字体(Label font),树枝粗细,颜色(Branch lines),甚至任意旋转进化树的方向(Rotation)等。


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03

标尺的设置


标尺的设置位于Advanced高级操作中。


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  • Internal tree scale选项可以显示或关闭标尺

  • Draw axis选项为显示或关闭标尺所在的轴

  • Draw grid选项为关闭环状的轴

  • Lable font size可以修改标签刻度的字体大小Interval1和Interval2可以设置标尺的刻度线的颜色粗细以及刻度的密度

将以上几个参数进行调整,即可获得添加好标尺的进化树。


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04

进化树导出


进化树设置完成后,需要将图片导出。导出使用的是Control panel中的Export选项。将导出格式,分辨率,导出范围,导出命名一一设置,选择Export即可得到导出结果。


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