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2b-RAD

上架时间:2021-10-09
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产品详情


2b-RAD技术使用IIB型限制性核酸内切酶(如BsaXI)对基因组DNA进行酶切,切割位点位于识别位点的左右两侧,酶切后产生等长的33 bp的标签,这些标签经过富集后用于高通量测序,通过生物信息学分析实现全基因组范围高通量SNP筛查和分型分析。



技术流程


2b技术流程.png



技术特点


(1)适用于降解样品、痕量样品(ng级DNA)

在所有简化基因组技术中,2b-RADDNA质量的要求是最低的,许多存在DNA降解或严重降解的样本,对其他简化基因组技术来讲是完全不符合建库要求的,2b-RAD凭借其标签短的特点,能很好的对降解样本进行建库测序,已有多篇此类案例文章发表,比如东方蜜蜂(Li et al. BMC Genomics, 2019)、中华绒螯蟹(Cui et al. Heredity, 2015)。

2)技术重复性好,标签长度一致、测序深度均一,SNP准确性和利用率高

RADSLAFGBS等技术是用超声波打断基因组DNA或双酶切后人工切胶获得目标片段的,随机性强,易引入人为误差。2b-RAD使用的是IIB型的限制性内切酶进行单酶切,这类酶的特点是能在识别位点的两侧进行双链切断,这样获得的目标片段都是等长的(下图),避免了像其他简化基因组技术那样,必须经过片段选择而导致部分信息的损失。而且由于片段等长,不会像其他技术那样存在PCR扩增偏好性,SNP分型更准。此外,不同时间送的样本基本不受批次效应影响,可合并分析。此类酶切识别位点在基因组上大致上是每3-4Kbp就会出现一次。这就保证了标签分布均匀。


2b技术特点.png 

IIB型内切酶酶切标签图解

(“红色碱基”为酶切识别位点,左右两侧切割产生粘性末端,切割位点与识别位点的相对距离是固定的,基因组各位置切下来的标签等长)


(3)助力发高水平文章

2b-RAD技术2012年发表在方法学权威期刊 《Nature Methods》 上,其他技术(像RAD、GBS、SLAF)均发表在《Plos One》上,影响力差异巨大。2012年发表至今,各领域科研人员已使用2b-RAD技术发表130多篇文章,其中不乏Science、Nature Protocol、Molecular Ecology、Heredity、New Phytologist、Proceedings of the Royal Society等高水平期刊。

(4)免费赠送大片段缺失分析

由于我们的标签有稳定重现的特点,因此可以对有参物种,或者拼接到染色体水平的基因组物种,额外免费赠送大片段缺失的数据分析。这是其他简化基因组技术实现不了的。

5)项目经验丰富

我们现在已做物种涵盖动物、植物、微生物,共有150多种;已与国内100多家科研单位建立合作,基因组有大有小(大肠杆菌~5M,百合~17G),且有参、无参均可。



样本要求


2b-RAD 对DNA质量要求低,极其微量,降解很严重时依然可以尝试建库,且有较高建库成功率(90%以上)。但条件允许的情况下,请提供高质量DNA(参见Super-GBS的要求)。




常见问题


1:2b-RAD所用的酶是一种什么类型的酶?这种酶有什么特性?如何进行选择?

2b-RAD所使用的是IIB型限制性核酸内切酶,是一类商业化的酶。这类酶在基因组上识别特定的碱基序列(一般为5-7碱基),然后在识别位点两侧进行双链酶切,全基因组范围内切出的标签片段等长,如:内切酶BsaXI切出的为等长的33 bp片段。针对有参物种,可通过对基因组进行电子酶切结合预期的标签数确定合适的酶,对于无参物种则可选用其近缘物种基因组序列进行电子酶切。


2:存放了许久的样品或者发生降解的DNA能进行2b-RAD测序吗?

完全可以。这正是2b-RAD技术的一大优势,该技术的酶切标签为长度一致的短片段(~33bp),一定程度的DNA降解并不会影响实验结果。经实验证明,50bp的片段也可建库成功。

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