简化基因组Super GBS

Super-GBS（Genotyping-by-Sequencing）是基于GBS进一步发展出的简化基因组测序技术，其原理是使用限制性核酸内切酶将基因组DNA进行酶切，然后对酶切片段进行高通量测序，通过分析获得SNP信息并进行基因分型，是一种快速、简便、低成本的基因分型方法。

技术流程

Super-GBS技术流程

基于UGbs-Flex开发标记

技术特点

（1）实验建库流程简单快捷

与其他简化技术采用切胶回收的方式来控制片段大小不同，Super-GBS使用改进的磁珠回收系统，通过调整磁珠溶液与连接产物的体积比来调节回收片段大小，避免了切胶回收这样不可控的操作，彻底解决GBS样本间测序深度不一致的问题。不同批次样品可合并分析。

（2）无参物种标记产出高

Super-GBS针对无参物种，开发了全新的分析流程UGbS-Flex，可以获得比现有最好方案（GBS-ONE-CROPS）高出3倍的有效SNP/Indel，且分型精确度更高。

（3）助力多倍体物种的研究

特有的分析流程UGbS-Flex可以有效的处理多倍体物种（如异源四倍体，同源四倍体等），获得正确的SNP/Indel分型。比如，异源四倍体龙爪稷（finger millet）F2群体连锁图谱的成功构建（Qi et al. BMC Plant Biology, 2018）。

（4）测序数据量不受基因组大小影响

若您所研究的物种的基因组特别大时，即使是采用常规简化基因组测序，基因组较大的情况下一样需要通过增加数据量来保证分析结果的准确性，这会使实验成本增加不少；Super-GBS则不需要，因为它主要回收的是基因编码区的片段，不同物种间的基因数量一般不会差异太大。我们已成功并仅使用100Gb的测序数据完成了对百合花（~17Gb）约100个品种的进化分析，每个样品的测序数据量少于1Gb。

（5）有效避开重复序列

一方面由于Super-GBS富集的目的片段大部分为基因编码区域，重复序列大部分位于基因间区，因此能够避免很多的重复序列；另一方面Super-GBS使用PE150测序，片段测序长度300bp，能够更好的区分开重复序列；特有的UGbS-Flex分析算法也针对重复序列进行了特殊的处理，保证分型结果的准确性。

（6）完美超越传统的GBS

Super-GBS就是一个原理和GBS一样，却在标记重现性、稳定性、分型准确性等特点上完全优于GBS的技术。

样品要求

(1) DNA需用ddH2O或者1/10 TE溶解；
(2) 质检电泳图谱条带单一，无降解；
(3) 浓度>50ng/μL，总量>500ng，260/280值1.8~1.9，260/230值1.9~2.3；
(4) 总量<250ng不足一次建库DNA用量，需客户重新送样；

DNA降解但仍有主带存在可风险建库，降解严重的样品风险较高，不建议建库。

常见问题

1：什么情况下适合采用Super-GBS技术？

遗传图谱和QTL定位项目，特别是针对复杂基因组物种，比如无参考基因组的同源多倍体、异源多倍体以及大基因组物种，首先选择Super-GBS。

自然群体的GWAS、群体进化等项目，如果是多倍体、巨大基因组、重复序列高的物种，优先推荐Super-GBS。

2：Super-GBS为什么适合大基因组或多倍体等复杂基因组物种的研究？

在实验上，选用甲基化敏感酶，有效富集基因区的片段，无需庞大的测序量即可完成对群体的基因型分析。

在分析上Super-GBS分析流程UGbS-Flex可以有效的处理多倍体物种（如异源四倍体，同源四倍体等），能够特别有效的区分高度同源的染色体，获得正确的SNP/Indel分型。