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全外显子捕获测序(WES)

上架时间:2021-11-05
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产品介绍


全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。人类基因组大约有1.8×105个外显子,序列总长约30Mb,占人类基因组的1%。研究表明,人类85%以上的疾病基因是由外显子上的碱基突变造成的。

因此,相比于全基因组测序可以获得更综合的数据信息,全外显子组测序只针对外显子区域的DNA进检测,目标区域更加明确,覆盖度更深、数据准确性更高,也更加经济,尤其适用于大量样本的分析。

对于研究SNP、InDel等变异类型,可以凭借高深度测序鉴定到全基因组测序所没有鉴定到的突变。


技术优势



原装试剂,高质量数据保障

采用Agilent SureSelect Human All Exon V6捕获平台,120bp RNA 探针与DNA序列结合更牢固;

一对一捕获,灵敏度更高;58Mb捕获区间,更高的捕获效率,保证外显子编码区的高覆盖率及SNP检出率

品牌口碑好,文献应用率高,市场占有率高


V8捕获平台为Aglient于2021年5月上市的全新的捕获产品, 双向RNA探针设计同时靶向设计区域和反向互补区域,

靶向主流基因定义数据库(CCDS,RefSeq,GENCODE蛋白编码区域和TERT启动子区域),覆盖度更深并且更均一,确保测序结果的可靠


标准分析流程化,高级分析个性化

常规项目标准分析流程化,保证项目数据的统一性和可重复性

针对样本类型和客户个性化分析需求,提供专业的个性化和高级分析服务


复杂样本处理能力

血液样本、FFPE样本、显微切割样本等复杂样本处理经验丰富


分析内容


产品介绍

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经典案例


案例一:人溃疡性结肠炎上皮细胞的体细胞炎性基因突变

摘要


随着年龄的增长,正常的人体组织会经历携带癌症突变s1-7的体细胞克隆的扩张。然而,这种克隆性扩张是否存在于非肿瘤性小肠仍不清楚。在这里,利用76个克隆的人结肠类器官的全外显子组测序数据,我们在溃疡性结肠炎患者的炎症上皮中确定了一种独特的体细胞突变模式。受影响的上皮细胞积累了与IL-17信号相关的多个基因的体细胞突变,这些基因包括NFKBIZ、ZC3H12A和PIGR,这些基因在结肠癌中很少受影响。靶向测序验证了与IL-17信号有关的突变的普遍传播。无偏倚的基于CRISPR的结肠类器官敲除筛选显示,这些突变对IL-17A诱导的促凋亡反应具有抗性。其中一些基因突变已知会加重mice8-11的实验性结肠炎,而人结肠上皮细胞的体细胞突变可能与炎症过程有因果关系。我们的发现强调了适应恶劣微环境的遗传景观,并证明了其对致病基因的潜在贡献。


结果展示



图1:UC上皮细胞中的体细胞突变



图2:UC器官样体的靶向测序




图3:UC-相关突变的表型特征




图4:INOS介导IL-17A诱导的细胞凋亡



常见问题


1:外显子测序主要适用于哪些研究?

外显子组测序主要是针对编码区进行检测,所以,主要适用于编码区潜在变异引起的疾病研究。尤其对于高深度、大样本量的疾病研究,测序性价比高,可找出常见突变及低频突变。

WES主要应用在单基因遗传病、复杂疾病、罕见病、队列研究及肿瘤研究。


2:什么是全外显子组测序的捕获效率?与测序深度有何关系? 

捕获效率是指能够比对到目标区域的数据量与能够比对到参考基因组上总数据量中所占的比例。测序深度是指测序得到的总碱基数与目标区域大小的比值,代表了序列被探针组覆盖的次数,次数越高,测序结果的识别就越精确,后续的统计分析也就越准确。

以Agilent Sureselect Exome Kit V6为例,试剂盒捕获目标区域为60M(即0.06 G),捕获效率约为60%,当需要测序深度为100× 时,需要的数据量计算方式为:0.06÷60%×100=10 G。类似地,测序深度为150×时,对应的数据量为15G。


3:全外显子组测序一般需要多少的测序深度? 

根据我们的项目经验,常规样本一般测100×,肿瘤样本一般需要测150×~200×。较高的覆盖倍数,对于测异质性的遗传变质,可以发现小比例的突变。另外,外显子测序的覆盖不是很均匀,这样较高的平均覆盖率有利于保证大部分的区域有足够的覆盖倍数。

不过,随着测序深度的增加,测序过程中因扩增导致的DUP值也会显著增高,因此,随着测序深度的增加,需要的测序量更多,比如当WES的测序深度为200×时,一般需要测25G的数据量。


4:全外显子组测序对癌症组织样本的准备有什么要求?

癌症基因组学侧重于研究肿瘤细胞特有的、非遗传因素导致的体细胞突变。

为避免因个体差异导致筛选的体细胞突变位点假阳性,需要在准备肿瘤样本时同时采集来自于同一个体的癌旁组织(与肿瘤组织邻近的正常组织)作为对照样本。 

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