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核体系酵母文库构建

上架时间:2021-11-05
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产品介绍


酵母双杂交(Yeast two hybrid)技术是利用酵母遗传学方法分析蛋白质之间的相互作用

已被广泛应用于蛋白质组学细胞信号转导和功能基因组学等领域

成为分子生物学研究领域的重要实验手段

经过不断的完善和发展不但可以检测已知蛋白质之间的相互作用

更重要的是还可发现与已知蛋白相互作用的未知蛋白

欧易生物结合多年的文库构建经验推出两套酵母双杂交文库构建体系

SMART 体系

在现有酵母双杂交文库构建流程(BD MatchmakerTM library)基础之上加入独特步骤

使文库中高丰度表达基因明显降低从而使文库丰度均一提高筛选阳性率

Gateway 体系

采用 Gateway 位点特异性重组技术(Cloneminer cDNA library construction kit)构建文库



产品应用


检测细胞核内发生互作的蛋白质

基于转录因子的转录激活域 AD 与 DNA

结合域 BD 分别构建融合基因

通过激活报告基因表达,探测蛋白互作

SMART 体系

均一化可有效降低高丰度基因的含量从而提高筛选阳性率 

同源重组一步完成文库可用于双杂、单杂、三杂

如转化酵母,可提供100管酵母甘油菌工作液及 1-3 管母液

Gateway 体系

mRNA 反转录成 cDNA 构建文库,不经过 PCR 可避免冗余现象,保证文库质量

采用 Gateway 技术进行建库,欧易提供的初级文库可当做普通 cDNA 文库使用三框型接头可保证蛋白正确表达 

欧易提供的次级文库质粒,既可用于共转筛库又可用于 mating 筛库

如次级文库用完,可用初级文库与 AD 载体重组以获得次级文库,文库可用于双杂、单杂、三杂

如转化酵母,可提供 100 管酵母甘油菌工作液及 1-3 管母液



提供内容


实验报告:详细实验流程、各阶段电泳图、工作液细胞密度、文库库容量、插入片段长度鉴定图等

Gateway体系可提供初级、次级文库质粒及菌液

两种体系比较
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近三年部分项目文章列表(核体系)



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近三年部分项目文章列表(单杂)


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项目案例


1

An orphan protein of Fusarium graminearum modulates host immunity by mediating proteasomal degradation of TaSnRK1α.

禾谷镰刀菌调节宿主小麦的免疫机制

发表期刊:Nature Communications  | 影响因子:12.121  



研究背景


禾谷镰刀菌是小麦赤霉病(FHB)的主要致病菌,除了造成小麦产量损失,其分泌的脱氧雪腐镰刀菌烯醇等真菌毒素还可污染小麦及小麦制品,是食品安全的重要威胁。比较基因组研究表明,真菌病原体具有一系列孤儿基因,这些基因仅存在于某个或某类物种中。植物病原真菌可能进化出新的孤儿基因,以促进其感染或增强其毒性。禾谷镰刀菌基因组上预测存在上百个孤儿基因,但它们在禾谷镰刀菌与其宿主植物的致病性互作和共进化中的作用仍有待研究。


主要结果


该研究对禾谷镰刀菌的孤儿蛋白 Osp24 进行了系统研究,结果表明其对赤霉病在穗轴中的扩展具有重要作用。该研究发现了赤霉病菌与小麦分子互作的关键途径,为小麦高抗赤霉病遗传改良以及发展新的病害防控策略提供了新思路。


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参考文献


Jiang C, Hei R, Yang Y, et al. An orphan protein of Fusarium graminearum modulates host immunity by mediating proteasomal degradation of TaSnRK1α. Nat Commun 2020; 11(1): 4382.


文章解读


https://mp.weixin.qq.com/s/MxvkwCAkZ77D6IYqqun0lA



2

Enhanced sustainable green revolution yield via nitrogen-responsive chromatin modulation in rice

氮素利用:水稻利用氮素的新机制

发表期刊:Science | 影响因子:41.037   


研究背景


上世纪60年代,以半矮化育种为特征的“绿色革命”,使得全世界水稻和小麦产量翻了一番。虽然半矮化植物抗倒伏,但半矮化基因 sd1 导致水稻体内抑制植物生长的 DELLA 蛋白高水平积累,使其对氮肥响应减弱和利用效率下降,需要大量氮肥投入才能使之产量最大化,这不利于农业可持续发展。作物的产量主要由三个要素构成:单株的穗数、每穗的粒数和平均粒重。在减少氮肥施用条件下提高分蘖数量,提高氮肥利用效率,将有助于提高作物产量,同时促进农业的可持续发展。本研究的主要目标就是研究氮肥如何影响水稻分蘖数量。


主要结果


本研究发现了NGR5调节植物分蘖的新作用机制,通过调节 NGR5、DELLA 蛋白和 GID1 之间的竞争相互作用,可以在降低氮肥的投入量同时,提高水稻产量,为水稻和其他农作物“少投入、多产出、保护环境”的可持续农业发展提供了一种新的育种策略。


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参考文献


Wu k, Wang S, Song W, et al . Enhanced sustainable green revolution yield via nitrogen-responsive chromatin modulation in rice. Science 2020; 367:eaaz2046.


文章解读


https://www.oebiotech.com/index.php?c=show&id=202



常见问题


1. Gateway和Smart方法比较及如何选择?

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2. 欧易生物提供的酵母双杂文库有何特色?

SMART 文库所需 RNA 总量低,可以进行均一化处理以降低基因的冗余。既可以提供文库质粒也可以提供酵母工作液和母液。文库可以用于单杂也可用于双杂,用于双杂既可以用共转也可以用 mating 的方法筛库。

Gateway 酵母文库需要总 RNA 量较高,但是采取分离 mRNA 的方法,不经过 PCR 过程所以不会导致基因过度冗余。除了初级文库、次级文库质粒和菌液以外我们同样可以提供酵母工作液和母液。文库可以用于单杂也可用于双杂,用于双杂既可以用共转也可以用 mating 的方法筛库。


3. 如何检测文库的库容、插入片段平均长度、重组率?

文库滴度(每毫升文库菌液库容量)的计算公式:

CFU/ml = 平板上的克隆数/平板上涂布菌液的体积 μl×n×1000μl

其中 n 是原始菌液的稀释倍数;总的文库库容(CFU)= CFU/ml ×文库菌液的总体积(ml)

插入片段平均长度:随机挑取 24 个菌落 PCR 所得到的插入片段长度的总和的平均值

重组率:根据菌落 PCR 中所有阳性插入片段的克隆在总检测克隆数中所占比例

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